1930-ականների բռնաճնշումների շրջանում հոգևորականները տեսակարար կշիռ էին կազմում. 1936-1937 թվականների բռնաճնշումների ընթացքում 161 ձերբակալված հոգևորականներից 91-ը գնդակահարվել են: Բացի այդ, կրոնական հաստատությունները, հատկապես` եկեղեցիները պետականացվում էին և օգտագործվում պետական նպատակներով․ տարածված պրակտիկա էր եկեղեցիները պահեստների, կինոթատրոնների, ժողովարանների վերածելը: Գյուղական բնակավայրերից հեռու գտնվող հատվածներում եկեղեցիները երբեմն նույնիսկ անասնագոմերի էին վերածվում: Տարբեր միջոցներով խոչընդոտվում էր եկեղեցական արարողությունների, հատկապես` մատաղի կատարումը, որը բնակչության շրջանում շատ տարածված էր:

Երկրորդ համաշխարհային պատերազմը էականորեն բարելավեց եկեղեցու դիրքերը։ Պատերազմի շրջանում մարդիկ ավելի շատ են ապավինում կրոնին։ Հատկապես 1941 թվականին սկսված Հայրենական պատերազմից հետո, երբ մեծ թիվ էին կազմում Հայաստան եկող «սև թղթերը»՝ մահվան վկայականները, պետությունը հասկացավ, որ եկեղեցին կարող է օգտակար լինել մարդկանց մխիթարելու հարցում։ Սա կտրուկ փոխեց եկեղեցու նկատմամբ վերաբերմունքը։ Հաջորդ պատճառը, որը գուցե անհատական դրսևորում էր, կաթողիկոսական տեղապահ Գևորգ Չորեքչյանի՝ խորհրդային իրավակարգի նկատմամբ առավելապես լոյալ դիրքորոշումն էր։ Պատերազմի սկսվելուց անմիջապես հետո՝ 1941 թվականի հուլիսին, Գևորգ Չորեքչյանը աշխարհասփյուռ հայությանն ուղղված կոչերով հանդես եկավ՝ հորդորելով տարբեր կերպ օժանդակել պատերզմի մեջ գտնվող Խորհրդային Հայաստանին։

Այդ հորդորների արդյունքում էր, որ սփյուռքահայերի, մեծամասամբ՝ ամերիկահայերի կողմից հանգանակված գումարների հաշվին ստեղծվեց «Սասունցի Դավիթ» տանկային շարասյունը, որը 1944 թվականին մարտի մեջ մտավ Խորհրդային Միության բանակներիի կազմում։ Սա էականորեն նպաստեց եկեղեցու դերի ու նշանակության մեծացմանը և Չորեքչյանի հեղինակության բարձրացմանը խորհրդային իշխանության մարմինների մոտ՝ թե՛ Երևանում, թե՛ Մոսկվայում։ 1945 թվականի ապրիլին տեղի ունեցավ ժամանակի համար աննախադեպ մի իրադարձություն․ ընդառաջելով կաթողիկոսական տեղապահ Գևորգ Չորեքչյանի խնդրանքներին՝ Խորհրդային Միության առաջնորդ Իոսիֆ Ստալինը համաձայնեց ապրիլի 19-ին ընդունել նրան։ Հանդիպման ժամանակ Չորեքչյանը մի քանի հարց բարձրացրեց՝

• «Էջմիածին» պարբերականի հրատարակման,
• Գևորգյան հոգևոր ճեմարանը բացելու,
• Արևմտյան Հայաստանի հողերի վերադարձի,
• Սփյուռքահայերի հայրենադարձում կազմակերպելու,
• Կաթողիկոսական նոր ընտրություն կազմակերպելու մասին։

Երկարատև ընդմիջումից հետո՝ 1945 թվականի հունիսին, Էջմիածնում գումարվեց ազգային եկեղեցական ժողով, որի ընթացքում միաձայն Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս ընտրվեց Գևորգ Չորեքչյանը։ Հաջորդ տարիներին Չորեքչյանին վիճակված էր մեծ դեր կատարել հայ եկեղեցու ամրապնդման և իշխանության մարմինների կողմից գործադրվող հալածանքներին դիմագրավելու հարցում։