Եկեղեցին անջատ է պետությունից, և դա ամրագրված է Սահմանադրության մեջ: Սակայն 2003թ. հետո սկսվեց եկեղեցու և Հանրապետական կուսակցության աստիճանական մտերմացման գործընթացը: Դրա պատճառը կարել է համարել օլիգարխիկ համակարգի ձևավորումը, որը կրոնա-գաղափարական մեխանիզմները ևս օգտագործում էր սեփական իշխանությունն ամրապնդելու համար, և դրան չէր խանգարում ՀՀԿ-ի՝ Նժդեհի Ցեղակրոն ուսմունքին հարելը:
2005թ. սահմանադրական փոփոխություններից հետո Սահմանադրության մեջ նշվեց, որ թեև Հայաստանի Հանրապետությունում պետությունն ու եկեղեցին անջատ են, պետությունն ճանաչում է Հայ Առաքելական եկեղեցու հատուկ առաքելությունը որպես ազգային եկեղեցի: 2006թ. հետաքրքիր մի գործընթաց սկսվեց. եկեղեցու ներկայացուցիչներն օրհնում էին ՀՀԿ գործիչներին և կուսակցության գործունեությունը: Սերժ Սարգսյանի, Տիգրան Սարգսյանի և այլոց խոսքերում եկեղեցու դերը սկսում է ավելի ու ավելի մեծ տեղ զբաղեցնել:
2008թ. հետընտրական զարգացումներից հետո հաճախ հնչում մի հարց. որտե՞ղ է եկեղեցին և ինչո՞ւ չմիջամտեց բախումները կանխելու համար՝ սատարելով պետության գործողությունները:
2018թ. իրադարձություններից հետո կարծես ենթադրվում էր, որ եկեղեցին նույնպես պիտի փոփոխությունների ենթարկվեր. եկեղեցու քաղաքական գործառույթն այլևս անհրաժեշտ չէին պետությանը:
